เนื้อเรื่องได้กล่าวถึงสงครามศักดิ์สิทธิ์เมื่อ240ปีก่อน สงครามระหว่างเทพีอเธน่าและเจ้านรกฮาเดส เคียวโกสั่งบรอนซ์เซนต์ 2 คน ให้เลื่อนขั้นเป็นโกลด์เซนต์ผู้มีนามว่าไลบร้า โดโกและอาริเอส ชิออน ให้ไปตรวจสอบบริเวณที่มีพลังของฮาเดสและได้พบกับเด็กหนุ่มทั้ง 2 เพกาซัส เท็มมะและอาโรน แต่เทนมะก็ได้รู้ว่าอาโรนเพื่อนรักของตัวเองได้กลายเป็นฮาเดสไปแล้ว จึงได้ร่วมมือกับพวกโดโกช่วยเข้าร่วมสงครามด้วยกัน เนื้อเรื่องจึงได้เป็นสงครามที่มีเนื้อหาสอดคล้องกับเซนต์เซย์ย่า ภาค The Lost Canvas จ้าวนรกฮาเดส

อีกด้านหนึ่งหลังจากจบสงครามที่เอลิเชี่ยน เซย์ย่าได้ถูกคำสาปดาบของฮาเดสที่ถูกแทงที่อก นั้นทำให้เซย์ย่าโคม่ากับใกล้ตยจนเหลือเวลาอีกเพียงแค่ 3 วัน คิโด ซาโอริ และแอนโดรเมด้า ชุน จึงไปที่สตาร์ฮิลเพื่อเดินทางไปโอลิมปัส เพื่อหาเบาะแสรักษาเซย์ย่า จึงไปปรึกษาโครนอส แต่โครนอสแนะนำว่าให้ย้อนอดีตกับมีเวลาเพียงแค่ 3 วัน ที่จะกลับมาปัจจุบันได้ ทั้งคู่ได้ข้ามมิติไปยังเมื่อ 240 ปีก่อน เพื่อแก้ไขอนาคตก่อนที่เซย์ย่าจะตายไป

ทางชิออน โดโก เทมมะ ทั้ง 3 ที่รอดมาได้จากเหตุการณ์นั้นก็พบว่า ซุยเคียวที่เป็นคนรู้จักของทั้ง 3 กลายเป็น 1 ใน 3 ผู้ยิ่งใหญ่แห่งยมโลก กับทำภารกิจฆ่าร่างสถิตฮาเดสล้มเหลว ทั้ง 3 ถูกต่อว่ากับทำโทษ พอทั้ง 3 เข้าใจกับเตรียมที่จะฝึก แต่ทันใดนั้นอาธีน่าก็มาจุติ (ซาโอริที่เดินทางย้อนอดีตมาถูกโครนอสสาปให้อายุในตัวปั่นป่วนจนกลายเป็นเด็กทารก กับเติบโตขึ้นถายในไม่กี่ชั่วโมง) ทางโกลด์เซนต์ที่ไปถึง ถูกเคียวโกสั่งให้ไปประจำการตามเดิม แต่มีเพียงเวอร์โก้ ชิจิม่าที่สงสัยจึงกลับมาช่วยอาธีน่าจากเคียวโกที่หวังฆ่าทัน แต่ชิจิม่าถูกพิสซิส คาดิน่าเรทำร้าย จึงพาอาธีน่าหนีไปโดยโทรจิตเพื่อส่งให้เหล่าโกลด์เซนต์คนอื่นทราบเรื่องกับรีบมาช่วย มีเพียงชิออนที่รู้ จึงสั่งให้เททมะกับชุนไป 12 ปราสาทเพื่อเตือนโกลด์เซนต์ที่เหลือกับช่วยอาธีน่า แต่ซุยเคียวนำทัพพวกสเป็คเตอร์มาไล่ล่า สู้ชนะชิออน กับอิคคิที่ย้อนอดีตมา จนซุยเคียวถูกหมัดมายาทำให้ฝันร้ายกับไปต่อ ฆ่าทอรัสอ๊อก จนเหลือแค่ซุยเคียวคนเดียวสภาพสาหัสช่วยเทมมะกับชุนจากเคนกับอาเบล จนถูกหมัดมายาไปอีกที ทั้ง 3 ถูกแคนเซอร์ เดสเทอร์ ปั่วหัวส่งไปยมโลก แต่ทั้ง 3 ก็หลุดมากับหมดสติที่ปราสาทลีโอ แต่ซุยเคียวอาศัยจังหวะไปปราสาทเวอร์โก้ที่ชิจิม่าวางกับดักไว้ใครที่บุกมา พบคลอธเก่าของตนกับเห็นภาพอนาคต จึงเขียนคำทำนายไปให้อาธีน่า

ชิริวกับเฮียวกะพอรู้ว่าพวกชุนย้อนอดีตจึงตามไปช่วย กับหนีการไล่ล่าจากโทมะ ชิริวถูกส่งมาที่ปราสาทไลบร้าพบโดโกสู้กันจนถูกยอมรับ กับไปต่อ ซุยเคียวสู้แพ้โดโกจนตาย ทางอิคคิที่ถูกจากเคนกับอาเบลไปช่วยเดสทอร์ขนโลงศพ กับสู้ชนะฟรินฟอน เวอร์เมียไล่ไปได้